目前東華大學有理工學院、管理學院、人文社會科學學院、原住民民族學院、海洋科學學院、花師教育學院、藝術學院及環境學院，系所的設置與發展除了考慮國際學術潮流外，尚兼顧人文及科技的研究，結合當地的自然與人文生態，提升在地化區域整體的學術研究水平，和當地社區型成緊密的互動關係。有別於都會型大學的研究方式，致力於打通高高在上的學院式研究與當地社區之間的傳統藩籬，也為學術研究方式開展了另一個方向。

此外，課程模組化的推行，院系間互相承認學分，降低主修學分，鼓勵學生選修跨領域學程，讓學生可以依自己的興趣以及生涯規劃來修課，提升了主動學習的態度，加上老師與學生之間相處融洽，成為東華校園特有的學習風氣。

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